Udział Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie, reprezentowanego przez Małopolską Szkołę Administracji Publicznej oraz Katedrę Gospodarki i Administracji Publicznej w realizacji projektu „W poszukiwaniu polskiego modelu ekonomii społecznej” pozwolił na zdiagnozowanie problemów napotykanych przez podmioty sektora ekonomii społecznej. Jednym z najważniejszych są trudności w zdobywaniu funduszy lub sprzętu niezbędnego do prowadzenia działań.

Ponad 80% podmiotów ekonomii społecznej nie kwalifikuje się do dostępu do komercyjnych instrumentów finansowych, niezbędnych do rozwoju i realizacji celów społecznych jakie sobie stawiają. Rzadko korzystają z kredytów i pożyczek, z uwagi na stosunkowo niskie przychody i brak majątku własnego, mogących posłużyć jako zabezpieczenie zobowiązań.

Tak narodził się pomysł i koncepcja stworzenia Małopolskiego Funduszu Ekonomii Społecznej. Został on włączony do podpisanego Małopolskiego Paktu na Rzecz Ekonomii Społecznej.

Formalne zawiązanie Fundacji pod nazwą Małopolski Fundusz Ekonomii Społecznej nastąpiło 19 maja 2009 roku.